Né en 1948 à Paris, entré en 1968 au séminaire Saint Sulpice, ordonné prêtre en 1975 pour le diocèse de Paris, le Père Aubert a été vicaire à Saint Pierre de Montrouge, à Sainte Jeanne de Chantal et à Notre Dame d'Auteuil jusqu'en 1987, avec un ministère tourné vers les jeunes et les aumôneries. Curé de Ménilmontant de 1987 à 1990, il participe à la fondation de la "Fraternité Missionnaire des Prêtres pour la Ville" voulue par le Cardinal Lustiger pour l'évangilisation de la région parisienne.
Après une année à Philadelphie, il rejoint Washington en 1992, avec la charge de délégué des éveques américains pour toutes les communautés francophones, ce qui l'amène à de nombreux déplacements à New York (jusqu'à une fois par mois pour y célébrer la messe!). Il contribue également à la mise en place d'une communauté à Los Angeles.
Le Père Aubert a eu soucis d'ouvrir au maximum la maison paroissiale, en d'en faire un lieu de célébration, de rencontre et de vie aussi déployé que possible. C'est lui qui a terminé, aménagé et inauguré la chapelle de Garrison Street, y a installé chauffage et climatisation, et y a instauré une célébration quotidienne de l'Eucharistie. La chorale a repris un nouveau souffle, venant répéter chaque lundi soir. L'ouverture internationale, notamment vers les africains francophones, s'est trouvée renforcée.
de retour en France, le Père Aubert a été curé de Saint Paul - Saint Louis à Paris, puis à Anet en Eure-et-Loir. et est actuellement curé de la cathédrale de Chartres. Mais jamais il n'a connu une communauté aussi fraternelle que sur les rives du Potomac: "l'éloignement de nos pays d'origine conduit à une vraie chaleur humaine, tandis que la plaque tournante qu'est Washington ouvre sur le monde entier, et permet de regarder la France avec un autre regard".